Oddział Anatomii Patologicznej jest głównym oddziałem uniwersyteckim i zajmuje się histopatologią, cytopatologią, immunocytochemią i podziałami patologii molekularnej. Chirurgiczne czynności patologiczne mają głównie charakter onkologiczny (nowotwory płuc, przewodu pokarmowego, piersi i dróg moczowych), ze szczególnym naciskiem na diagnostykę wewnątrzchirurgiczną. Duża ilość informacji została zebrana i poświęcona badaniom chorób zapalnych, paraneoplastycznych i nowotworów wątroby, chorób limfoproliferacyjnych oraz patologii onkologicznej, patologii prostaty i patologii płucnej. Systemy kontroli jakości obejmują przygotowywanie raportów w ciągu 24-48 godzin dla diagnostyki biotypowej i 48-72 godzin dla tak zwanej patologii chirurgicznej. Działalność badawcza, zintegrowana i przeplatana z innymi krajowymi i międzynarodowymi jednostkami klinicznymi i onkologicznymi, prowadzona jest głównie w dziedzinie charakterystyki molekularnej guzów żołądkowo-jelitowych, guzów dróg oddechowych i guzów układu moczowo-płciowego oraz uszkodzeń przednowotworowych, ze szczególnym uwzględnieniem wczesnych markerów diagnostyki molekularnej.