Η Μονάδα της Ανατομικής Παθολογίας είναι βασικό τμήμα του Πανεπιστημίου και αποτελείται από τα τμήματα της ιστοπαθολογίας, κυτταροπαθολογίας, ανοσοκυτταροχημείας και μοριακής παθολογίας. Οι δραστηριότητες της χειρουργικής παθολογίας είναι κυρίως ογκολογικής φύσεως (νεοπλασίες πνευμόνων, γαστρεντερικού, μαστών και ουροποιητικού συστήματος) με έμφαση στην ταχεία ενδοχειρουργική διάγνωση. Έχει αποκτηθεί μεγάλη εμπειρία και είναι αφοσιωμένη στη μελέτη φλεγμονωδών, προνεοπλασματικών και νεοπλασματικών ασθενειών του ανθρώπινου ήπατος, λεμφοπολλαπλασιαστικών διαταραχών και ογκολογικών, προστατικών και πνευμονολογικών παθήσεων. Τα συστήματα ελέγχου ποιότητας περιλαμβάνουν χρόνους αναφοράς 24-48 ωρών για τη βιοτυπική διάγνωση και 48-72 ώρες για τη λεγόμενη χειρουργική παθολογία. Ερευνητικές δραστηριότητες, ολοκληρωμένες και διασταυρούμενες με άλλες εθνικές και διεθνείς κλινικές και ογκολογικές μονάδες, διεξάγονται κυρίως στον τομέα των συμπαγών όγκων του γαστρεντερικού, του αναπνευστικού και του ουροποιογεννητικού συστήματος και στον μοριακό χαρακτηρισμό των συμπαγών όγκων και προνεοπλασματικών αλλοιώσεων, δίνοντας ιδιαίτερη προσοχή σε πρόωρους μοριακούς διαγνωστικούς δείκτες.